Comenzó su trayectoria en los banquillos en la temporada 2014-15 dirigiendo al Ourense CF en la Primera Autonómica de Galicia, al que logró ascender a la Preferente Galicia al término de la temporada.
En la temporada 2015-16, dirige al Ourense CF en la Preferente Galicia.
Al término de la temporada, Rubén abandonaría el club orensano para trabajar en las categorías inferiores del Deportivo de La Coruña.
[2] En la temporada 2022-23, dirige al Ourense CF en su debut en la Segunda Federación.También dirigió la temporada 23-24 con el Ourense CF, llevándolos a quedar primero en el grupo I de la Segunda Federación y ascendiéndolo a Primera Federación.
Rubén Domínguez lleva entrenando al Ourense CF 7 años consecutivos, pasando por 5 categorías gracias a él y al equipo, llegando a la tercera categoría del fútbol español.