El templo fue construido en 1647 con grandes bloques de piedra volcánica, ladrillo quemado y adobe.
En 1695, a su vez, se construyó otro templo que reemplazaría a este, edificado por el misionero jesuita Marcos del Río,[1] quién también fundó aquí una misión religiosa, lugar dónde habitaban indígenas ópatas.
La misión funcionaba para evangelizar a los nativos cuando se avanzaba con la conquista de México.
Por lo que sólo se utilizó para ceremonias religiosas especiales como cultos de Semana Santa y velación de difuntos.
Hasta la actualidad, no se ha seguido con su construcción, por lo que se está preservando por el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) con la categoría de Conjunto Arquitectónico.