En 1912 regresó a la docencia en la Universidad Nacional y durante una clase de geometría analítica sufrió un derrame cerebral, falleciendo allí mismo.
Su pasión secreta, descubierta póstumamente fue la pintura, de la que se conservan algunos álbumes de bocetos y acuarelas.
"Entre las diversas tareas docentes, los cargos oficiales, las polémicas religiosas y filosóficas, la paciente agrimensura de la Sabana y los abnegados trabajos de exploración para el tendido de líneas férreas, Ruperto Ferreira, casi en secreto y para su propio uso, elaboró un conjunto de apuntes a lápiz, pluma y acuarela, con especial predilección por la flora y el paisaje, aunque se encuentran también algunos bocetos y acuarelas de animales y figuras humanas.
Su obra gráfica conocida está formada, por dos álbumes de pequeño formato, con unas 90 ilustraciones en total, donde se destacan, por su rico colorido y cuidadoso dibujo, las flores y los animales... Es posible notar las dificultades que tenía el autor con la anatomía tomada del natural, presumiéndose que en ocasiones debía recurrir a la copia de fotografías o pinturas, práctica muy común en aquel tiempo.
"[2] "Prolífico escritor, sus artículos en diversos temas de literatura, filosofía, ingeniería y matemáticas aparecieron en distintos periódicos y revistas del país.