Isabel la Católica divide en 1494 dicha audiencia en dos: la Audiencia de Valladolid, con competencia al norte del río Tajo, y la de Ciudad Real, con competencia al sur del mismo río.
En 1500 se decidió trasladar esta última a Granada, lo que se verificó en 1505.
No se debe confundir a este alcalde mayor de Hijosdalgo con el ordinario que se nombraba cada año por el estado de hijosdalgo en los pueblos en que los oficios concejiles se dividían entre nobles e individuos del estado llano.
Las Chancillerías de Valladolid y Granada disponían cada una de una Sala de Hijosdalgo, en la cual se conocía de los pleitos de hidalguía y de los agravios que se hacían a los hidalgos en lo tocante a sus exenciones y privilegios.
Sus orígenes se remontan a las ordenanzas de Medina del Campo de 1489 por las que los Reyes Católicos, además de reorganizar el tribunal de la Real Audiencia y Chancillería, crearon su archivo.