Saltholm es muy plana; su punto más alto se encuentra a solo 2 m sobre el nivel del mar, lo que lo hace vulnerable a las inundaciones si los vientos del este persistentes causan una marejada en el mar Báltico.
Los seres humanos han vivido en pequeñas cantidades en Saltholm desde la Edad Media y probablemente antes.
Los viajeros que deseasen desembarcar en la ciudad debían permanecer en cuarentena en la isla durante 40 días.
La posición de la isla en medio del Øresund le dio cierta importancia militar durante las dos guerras mundiales.
Dos días después, dos destructores alemanes atacaron el submarino cuando aún estaba varado en la costa mientras la tripulación trabajaba para volver a flotar el barco.
En 1965, el Consejo Nórdico acordó en principio construir un nuevo aeropuerto internacional en Saltholm, reemplazar el aeropuerto de Kastrup y construir un enlace puente-túnel a través de la isla para conectar Copenhague y Malmö.
[13] La propuesta fue fuertemente apoyada por Scandinavian Airlines System, el principal usuario del Aeropuerto de Copenhague.