Otros jugadores destacados que salieron de Salto Nuevo fueron José González, Nelson Telechea, Julio Fernández y Pablo Nicolas Fonseca.
Entonces, el club se sumergió y los problemas económicos fueron cada vez más grandes, al punto que fue embargado y la justicia se llevó los arcos del Estadio Gustavo Ferraz.
La crisis deportiva se agudizó y en la Liga 2006 de esa divisional, el equipo terminó 10º con 19 puntos (5 triunfos, 4 empates y 11 derrotas) salvándose así del descenso por 1 punto gracias al empate a 2 en la última fecha ante Ferro Carril.
Salto Nuevo luego sería clasificado a la Liguilla, con solo 5 partidos perdidos en el año, en esa misma liguilla no conseguiría ningún punto lo cual no le dio para clasificar a la Copa El País.
En el equipo se destacarían jugadores como Adrian Acosta, Tomas Torres, Angelo Lombardo y Gabriel Ferreira, entre otros.
Esta misma base de jugadores serían sensación en la Liga 2010 de Primera División, donde Salto Nuevo salió campeón y alcanzó la clasificación a la Copa El País 2011 por primera vez en su historia.
Salto Nuevo siempre tuvo ayuda con las inferiores del club, haciendo un proyecto largo con Martín Suárez, Carlos Samit y Fernando Da Costa.
En 2016 el equipo de a poco se fue rearmando con el trabajo de Carlos Samit y Fernando Da Costa en sub-15 teniendo buenos resultados, resaltando como figura a Ernesto Samit capitán del equipo.
Con lista de jugadores totalmente nueva, entre ellos Nathaniel Romby, José Kurovksky, Luciano Bravo, Bruno Trindade, entre otros.