Sin embargo y debido a diversas imputaciones y acusaciones durante su administración, así como las fuertes presiones políticas de los partidos opositores, renunció al cargo de gobernador sin haber concluido su mandato.
Su elección se desarrolló en una época de agitaciones políticas nacionales y estatales y debido a su dudoso triunfo en las urnas, en el estado, se vivió una lucha constante de partidos políticos y plantones durante los tres años de su gobierno.
El candidato perdedor, Andrés Manuel López Obrador, organizó mítines, plantones, bloqueos de pozos petroleros y cierre de carreteras para protestar contra el gobierno de Neme Castillo.
Por último, organizó el que llamó: Éxodo por la Democracia, una caravana hacia la Ciudad de México en la que participaron miles de sus seguidores, llegando a la capital de la República y plantándose en la Plaza de la Constitución, en donde presionaron al gobierno federal para que Neme Castillo dejara la gubernatura.
Durante su gestión, destacó por su negativa a contraer créditos que generasen deudas a futuras administraciones, así como por su negativa a permitir construcciones en zonas bajas llamados vasos reguladores de ríos y lagunas, para evitar inundaciones mayores de forma natural.