Después de sus estudios primarios escolares, se convirtió en agricultor en 1840, donde empezó a sentir atracción hacia los estudios asociados a la ornitología; desde ese entonces empezó a fomentar diferentes amistades, convirtiéndose en amigo de personas como Thomas Nuttall, Samuel George Morton, John Kirk Townsend y Robert Bridges.
Pero, decidido a que la ornitología no era de su preferencia, estudió medicina en la Universidad de Pensilvania y obtuvo un doctorado en 1847, donde poco después empezó a trabajar como asistente médico en un hospital de Filadelfia.
De ahí en adelante emprendió su carrera como explorador cuando se fue a una misión de dos años encabezada por el capitán Lorenzo Sitgreraves en el primer año y luego por el teniente israelita Carle Woodruff en el segundo.
Está sepultado en el Cementerio Episcopal de Santiago el Menor en Filadelfia.
La abreviatura Woodhouse se emplea para indicar a Samuel Washington Woodhouse como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.