Está ubicada en la intersección de las avenidas Aviación y San Borja Sur, en el distrito de San Borja.
Inicialmente se planificó nombrar la estación como San Borja;[1] sin embargo, fue cambiado por el nombre de la avenida que cruza.
La estación es la única de la línea 1 que cuenta con ingresos separados para cada dirección, están ubicados a los lados oeste y este.
En ambos casos, el primer nivel es zona de torniquetes y boletería mientras que en el segundo están las plataformas norte y sur cada una de ellas conectadas por escaleras al primer nivel.
Aunque San Borja Sur no cuenta con ascensores, cuenta con elevadores acoplados al borde de la escalera para uso exclusivo de personas con movilidad reducida.