Otros equipos al aire libre, incluidos San Diego Flash y San Diego 1904 FC, habían jugado períodos breves en las divisiones inferiores del fútbol estadounidense en las décadas de 2000 y 2010 antes de retirarse.
El área también había producido varios jugadores destacados para las selecciones nacionales masculinas y femeninas de Estados Unidos.
[17] Warren Smith y Landon Donovan establecieron un equipo de segunda división, San Diego Loyal SC, en 2019 y comenzó a jugar el año siguiente en el Campeonato de la USL en el Estadio Torero.
En octubre de 2022, The San Diego Union-Tribune informó que el equipo propuesto requeriría un acuerdo con SDSU para Utilice el estadio Snapdragon.
El nombre del equipo, San Diego Football Club, y los colores se dieron a conocer en un evento el 20 de octubre.
[29] El primer partido oficial en la historia del club se gestaria el 23 de febrero del 2025 ante Los Angeles Galaxy partido en el que conseguirian la primera victoria de su historia (2-0)[30] La identidad del club incluye un escudo con los colores oficiales (cromo y azul), rodeado por una banda degradada de azul, rojo, naranja y amarillo.
[31] En el centro, se encuentra un diseño circular llamado "The Flow", con 18 líneas representando las ciudades del condado de San Diego.
[32] En la parte superior, hay un arco con la marca denominativa "San Diego", que refleja los monumentos de la ciudad.
[33] San Diego FC contrató a Pupila, un consultor de diseño costarricense, para desarrollar la identidad del club, que incluye una serie de logotipos secundarios con "The Flow" y la marca denominativa "SD".
Originalmente, el equipo se conocía como San Diego FC, pero el nombre y el escudo filtrados por The Athletic un día antes de su presentación en octubre recibieron críticas negativas en línea.
[37][38] El Estadio Snapdragon fue construido según las especificaciones del fútbol, con varios accesorios que cumplen con los estándares de la MLS.
[41] El antiguo hotel Singing Hills será renovado para convertirlo en dormitorios para los jugadores y el personal de la academia.
[42] La sede del equipo se encuentra en un espacio alquilado en el barrio Little Italy de San Diego.
[45] Está previsto abrir una sucursal de la Academia Right to Dream en El Cajón con instalaciones residenciales para entre 120 y 160 jugadores, según The San Diego Union-Tribune.