San Francisco fue fundada por Esteban Uc Uicab en 1960 cuando emigró de su natal Yaxkukul a las tierras deshabitadas de lo que hoy es San Francisco.
[cita requerida] San Francisco se localiza a aproximadamente 2 kilómetros al sur de Yaxkukul, entre las coordenadas geográficas 21° 02' y 21° 06' de latitud norte, y 89° 22' y 89° 25' de longitud oeste; a una altitud promedio de 8 metros sobre el nivel del mar.
[6] El municipio pertenece a la región hidrológica Yucatán Norte.
Su principal clima es el cálido semiseco; con lluvias en verano y sin cambio térmico invernal bien definido.
[8] La temperatura media anual es de 26.3°C, la máxima se registra en el mes de mayo y la mínima se registra en enero.