Sus coordenadas geográficas son 16°17′34″N 95°54′32″O / 16.29278, -95.90889 y se localiza a una altitud de 1797 metros sobre el nivel del mar.
[4] Su única vía de comunicación es un camino de terracería que la une al oeste con Santa María Quiegolani y al este con Santa María Ecatepec.
Este camino posteriormente se une a la Carretera Federal 190, que la comunica con la ciudad de Oaxaca de Juárez, capital del estado, hacia el noroeste, y con Santo Domingo Tehuantepec hacia el sureste.
Sin embargo, se sabe que originalmente pertenecía al municipio de Santa María Ecatepec y hacia 1930 cambió su jurisdicción pasando a formar parte del territorio del municipio de San Carlos Yautepec.
San Lucas Ixcatepec vive un prolongado conflicto territorial con su principal comunidad vecina, Santa María Ecatepec, y en el que también estuvo involucrada San Bartolo Yautepec.