En materia hidrográfica el municipio cuenta con los ríos Tepenaguasapa, Tule, Cojo, Fajardo, Zapote, Fajardito.
En el siglo pasado San Miguelito tuvo gran importancia comercial, esta actividad se desarrollaba a través del proyecto de ferrocarril que cubría la ruta desde este municipio hasta Punta Mico, en el Océano Atlántico, para aprovechar la extracción de hule y raicilla que abundaba en la zona.
[2] Hombres: 10,013 (51.2%) Mujeres: 9,530 (48.8%) Rural: 15,254 (78.1%) Urbano: 4,289 (21.9%) San Miguelito tiene una población actual de 19,543 habitantes.
La precipitación pluvial varía entre los 2000 y 2400 mm caracterizándose por una buena distribución durante todo el año.
Los Sánchez, El Peñón, El Tamboral #1, Los Arroyos, Los Pantanos, El Ojoche, Quebrada Seca, Guachipilín, La Conquista #2, El Cacao, El Tamboral #2, El Congo, Las Nubes, El Caracol, El Roble, El Jícaro, Espino Blanco, Las Coreas, El Camastro #1, El Camastro #2, Poza Azul, Las Parcelas, La Tigra, El Dorado, El Cojo, El Naranjo, Aguas Calientes, El Ayote y La Paila.