En ese puesto, lideró varias misiones exploratorias en las regiones interiores de la actual Mozambique.
Posteriormente huyó a Portugal, donde fue bien recibido por el sucesor de Alfonso, el rey Juan II.
El esfuerzo portugués hacia la expansión marítima estaba en su apogeo, y en 1499 Tovar fue nombrado por el propio rey subcapitán de una gran flota dirigida por Pedro Álvares Cabral, que se hizo famosa por su descubrimiento de Brasil.
Esos barcos se llamaban así porque cuando se veían desde la parte delantera o trasera, parecían redondos debido a su anchura y a las velas abultadas (la mayoría de los otros barcos en la flota de Cabral eran carabelas, considerablemente más pequeñas).
Luego le prendió fuego para evitar que su contenido cayera en manos de piratas musulmanes.