Se conoce que desde hace siglos atrás estas tierras fueron visitadas por el conquistador español Francisco Pizarro, quien se encontraba en Panamá conjuntamente con Diego de Almagro, los cuales celebraron un convenio mediante el cual Pizarro sería el Jefe de dicha expedición.
Fue así como organizaron una segunda expedición y llegaron hasta la desembocadura del Río San Juan.
Pizarro y sus hombres emprendieron (entre ellos Francisco de Lentini) el viaje, el primer suelo ecuatoriano que los españoles tenían a la vista era Esmeraldas, desembarcaron y trataron a los aborígenes, vivieron entre estos por varios días, luego Pizarro y Bartolomé Ruiz continuaron el viaje, pasando frente a las costas de Manabí.
Según el destacado historiador profesor Hipólito Camba Ramos, manifestaba que esta expedición se denominaba MISIÓN LUCIANA que se desembarcaron en la costa de la provincia del Guayas, en donde los indios Huancavilcas le ofrecían regalos de un valor incalculable.
Los españoles se comunicaban con los indios por medio de sus intérpretes que hacían, la conexión entre estos dos idiomas.
Fue por estas circunstancias que los españoles se enteraron del gran imperio incásico.
La ciudad y el cantón Santa Lucía, al igual que las demás localidades ecuatorianas, se rige por una municipalidad según lo estipulado en la Constitución Política Nacional.