Según Roger de Wendover, Ine la fundó en el año 727 d. C.[1] Incluía un albergue y una capilla dedicada a Santa María.
En 1475 el Papa Sixto IV ordenó unir la iglesia al cercano Hospital del Espíritu Santo para expósitos (que había construido el Papa Inocencio III y cuya historia se relata en pinturas murales en la sacristía de la iglesia) y le dio un campanario.
En la parte media superior hay una ventana circular, y encima está el escudo de armas del Papa Sixto V.
Las inscripciones encontradas en Santo Spirito in Sassia, una valiosa fuente que ilustra la historia de la iglesia, han sido recopiladas y publicadas por Vincenzo Forcella.
La primera capilla a la derecha en el ábside, tiene un fresco de Pentecostés del florentino Jacopo Zucchi y su hermano.