[7] Se recolectaron limosnas para tal efecto y comenzó la obra, sin embargo, se descubrió que no se había pedido licencia por lo que el 27 de octubre de 1745 el arzobispo Juan Antonio Vizarrón y Eguiarreta ordenó el cese de la obras, que se cubriera la imagen y dio aviso al cura de Santiago que quedaba prohibido celebrar misa en el lugar y puso el asunto en manos del juez eclesiástico.
Con la ayuda de sus oficiales, -quienes prometieron colaborar con él en la empresa- logró que la obra del templo continuara hasta su terminación, consiguió la licencia para reanudar los servicios religiosos y adornó el templo y la imagen.
En 1781 fue establecida la academia de San Carlos, la cual tenía como función principal por instrucciones del rey Carlos III el establecimiento del estilo Neoclásico en la nueva España y vigilar que los arquitectos novo hispanos cumplieran sus lineamientos.
[12] La fundación fue aprobada y la obra asignada al arquitecto José del Mazo y Avilés quien construyó el colegio en los terrenos ubicados al costado norte del templo.
A la fecha continúa con labores de restauración, y le ha sido colocada una cúpula metálica temporal para resguardar el interior.