Esta especie fue descrita originalmente en el año 2019 por los zoólogos Diego Baldo, Katyuscia Araujo-Vieira, Dario Cardozo, Claudio Borteiro, Fernando Leal, Martín O. Pereyra, Francisco Kolenc, Mariana L. Lyra, Paulo C. A. Garcia, Célio F. B. Haddad y Julián Faivovich.
[1] La localidad tipo referida es: “Ruta Nacional 12, km 1329, en las coordenadas: 27°44′S 56°02′O / -27.733, -56.033, a una altitud de 146 msnm, departamento Capital, Misiones, Argentina”.
Etimológicamente, el término genérico Scinax deriva del idioma griego, en donde: skinax (genitivo skinakos) significa ‘rápido’, ‘ágil’.
El epíteto específico fontanarrosai es un epónimo que refiere al apellido de la persona a quien fue dedicada, el humorista gráfico y escritor argentino Roberto Fontanarrosa, por su importancia en la cultura argentina; este escritor centró su obra en la ruralidad, en los animales silvestres, incluso en los anfibios y su canto.
[1] Dentro del género Scinax, S. fontanarrosai pertenece, junto a S. uruguayus y S. pinima, al grupo de especies “uruguayus”, el cual se incluye en uno de los dos grandes conjuntos principales que integran el género, el clado “ruber”.