La historia comienza con Scrat robando una bellota en un principio cuando se encuentra a Scratte, una ardilla prehistórica ladrona femenina.
Después discute con Manny porque estaba perdiendo el "toque" y no podía cazar bien.
Ese mismo día Sid los lleva al parque de juegos que Manny hizo para su hijo aún no nacido, pero las otras crías animales del sector se meten creyendo que Sid los está invitando, sin embargo, los bebés t-rex, al tener una naturaleza depredadora, son muy rudos para las crías convirtiendo la diversión en horror destruyendo el parque en el proceso.
En el camino todos entran en pánico y Manny les dice a todos "Que nadie mueva un músculo" (haciendo referencia a una típica escena de Parque Jurásico), pero igual todos corren y Sid se niega a devolverle los bebés, por lo que ella los agarra y se lo lleva también.
En ese momento son atacados por un Ankylosaurus; Diego, quien había visto a Sid siendo raptado por la Mama Dino, también los había seguido, y ellos consiguen escapar, aunque inmediatamente se encuentran rodeados de otros dinosaurios que están dispuestos a atacarlos y en ese momento aparece Buck, una comadreja trastornada, los salva y los ayuda a buscar a su amigo perdido, guiándolos por una ruta llena de peligros hasta las cercanías de unas cataratas de lava donde se dirige Mamá Dino.
Al día siguiente, Sid se separa de la familia y es perseguido por Rudy.
La manada se prepara para regresar a la superficie, pero son emboscados y atacados por Rudy.
Buck se da cuenta de que ya no tenía nada más que hacer y considera unirse a la manada, Sid se despide de sus hijos adoptivos y Mamá Dino.
Esta es enterrada por la furiosa Scratte, lo que causa que el terreno donde estén termine erupcionando, devolviendo a Scrat a la superficie, aunque este pierde la bellota una vez más y termina gritando por histeria.
Blue Sky decidió hacer "más una aventura hipotética" en la tercera entrega de Ice Age, "como encontrar el simio gigante en King Kong o un Shangri-la en medio de la nieve", y agregó los dinosaurios a la historia.
El enfoque del "mundo perdido" condujo a dinosaurios coloridos, porque "los dinosaurios no tenían por qué ser sólo marrones, y puedes tomarte libertades porque nadie sabe de qué color eran", según de Sève.
[2] El Mundo Perdido de los dinosaurios está debajo de la superficie y del hielo, la luz del Sol llega a través del hielo, en el se encuentra una selva tropical, además es caliente debido a los volcanes y ríos de lava qué existen en el.