Debutó como profesional el 16 de noviembre de 2013, con 16 años y seis meses, en el Estadio Ateniense, ingresó al minuto 59 cuando estaban 1 a 1 y finalmente perdieron 4 a 1 contra Central Español.
El 3 de mayo de 2014 cuando se enfrentaron a Villa Teresa, ingresó al minuto 80 y anotó su primer gol oficial, para cerrar el triunfo 7 a 4.
Atenas logró el subcampeonato de la temporada y ascendió a la máxima categoría del fútbol uruguayo.
[1][2] Para la temporada 2015-16 fue cedido a Slovan Liberec, club de República Checa.
Cuando finalizó la temporada 2015/16, desde Atenas cancelaron el préstamo y Sebastián regresó a Uruguay, para que pudiera estar presente en las citaciones de la selección sub-20.