Juega como defensa y su equipo actual es el FC Erzgebirge Aue de la 3.
Hertner llegó en 2005 a las categorías inferiores del VfB Stuttgart, proveniente del KSG Gerlingen.
En 2008 lo ascendieron al filial del VfB Stuttgart.
Sebastian Hertner hizo su debut con el primer equipo el 8 de agosto de 2009 en la tercera jornada de la temporada 2009/10 contra el SV Borussia Wuppertal.
Ha sido internacional con las selecciones nacionales de Alemania sub-18 y sub-19.