El personaje principal, original para este juego, es un agente de NERV llamado Kyouya Kenzaki.
Es un miembro del Departamento de Inteligencia que llega a Tokio-3 junto con el Evangelion Unidad 04.
Desde una pantalla escogeremos un destino y una vez allí, se activará una escena o diálogo, de la cual deberemos extraer las pistas para decidir nuestro siguiente movimiento.
Si nos equivocamos al elegir el próximo escenario, no encontraremos a nadie, nos matarán o, con suerte, daremos con una escena secreta que desbloqueará nuevas rutas.
El juego permite consultar las escenas que ya hemos desbloqueado, y conseguir acceder a todas ellas supondrá un reto.