Estuvo activo desde su creación en 1948 hasta su sustitución por el Ministerio de Transportes en 1949.
Con su creación el Poder Ejecutivo sustituyó a la Dirección Nacional de Transportes.
[1] Pasó a su ámbito la Administración General de los Ferrocarriles del Estado (AGFE).
También, la secretaría quedó a cargo de coordinar la planificación vial con el Ministerio de Obras Públicas.
[2] En julio de 1949, por ley n.º 13 529, se creó el Ministerio de Transportes, que reemplazó a la secretaría.