Por ejemplo, la conocida secuencia de inserción 911 (1250 pb) está flanqueado por dos extremos repetidos invertidos de 36 pb y la región codificante tiene dos genes que se superponen parcialmente, orfA y orfAB, que codifican la transposasa (OrfAB) y una proteína reguladora (OrfA).
Sin embargo, existen otro tipo de transposones, llamados transposones unitarios, que no llevan secuencias de inserción en sus extremos (por ejemplo, Tn 7).
Un transposón complejo no se basa en secuencias de inserción flanqueantes para la resolvasa.
La resolvasa es parte del genoma tns y corta en las repeticiones invertidas flanqueantes.
ej., curvatura, presencia de ciertos motivos, composición del ADN.