Secuenciación por bisulfito
Para recopilar esta información pueden realizarse distintos análisis sobre la muestra alterada, el objetivo de estas pruebas es localizar polimorfismos puntuales causados por la conversión producida por el bisulfito.
Otras estrategias que no implican secuenciación pueden ser empleadas para determinar la metilación en loci específicos o a nivel del genoma entero.
[2][3][4][5] Se determinan las citosinas resistentes a la conversión por bisulfito mediante PCR y una secuenciación con didesoxinucleótidos.
En las moléculas amplificadas, los sitios que hayan sufrido conversión por bisulfito aparecerán como timinas en la cadena sentido y adenina en la antisentido por ser el nucleótido complementario a uracilo.
[7][8] Después de la amplificación mediante PCR, la pirosecuenciación es utilizada para determinar los nucleótidos convertidos por el bisulfito.
Sin embargo este método carece de la sensibilidad necesaria para detectar diferencias en un solo nucleótido.
Las sondas son además específicas de bisulfito para evitar la hibridación con ADN que no ha sufrido conversión completa.
La secuenciación por bisulfito se basa en la conversión completa de todos las citosinas no metiladas a uracilo.
La secuenciación por bisulfito oxidativo es un método que diferencia entre 5-metilcitosina y 5-hidroximetilcitosina a nivel de una sola base.
