Nació en 1572 en Nagyvárad, sus padres eran Cristóbal Báthory (el capitán general de Várad en aquella época) e Isabel Bocskai.
Su tío, Esteban Bocskai y Alfonso Carillo, un religioso jesuita persuadieron a Segismundo de romper relaciones con el Consejo del Sultán y mandó a ejecutar a varios nobles húngaros partidarios de los turcos en 1594, intentando con estas acciones, alejárse de la influencia otomana.
De esta manera afianzó los lazos con el mundo Cristiano católico en la figura del emperador germánico.
Segismundo movilizó el ejército transilvano y retomó de los otomanos las ciudades de Lipova y Jenő, y luego el 28 de octubre venció al gran Vizir turco junto a Gyurgyevó, con la ayuda del voivoda valaco Miguel el Valiente.
Posteriormente en junio de 1602 se sucedieron varias batallas menores tras las cuales renunció por cuarta vez al trono, siendo electo Moisés Székely como Príncipe de Transilvania.