La Segunda Categoría 2006 fue la edición N.º 33 de la tercera división del fútbol ecuatoriano.
Este torneo es el tercer escalafón en la pirámide del Fútbol Ecuatoriano por detrás de la Serie A y Serie B.
El Brasilia lograría su primer título, mientras que el Municipal Cañar obtendría el subcampeonato.
Los equipos de Bolívar y Pastaza.
Los equipos de Cañar y El Oro.