El torneo fue organizado por la Asociación de Fútbol No Amateur de Manabí (AFNAM) y avalado por la Federación Ecuatoriana de Fútbol.
Participaron 23 clubes de fútbol y entregó 2 cupos al zonal de la Segunda Categoría 2017 por el ascenso a la Serie B.
El sistema determinado por la Asociación de Fútbol No Amateur de Manabí consistió en 3 fases de la siguiente manera:
Esta etapa la jugaron los dos mejores equipos de cada grupo de la etapa anterior, es decir 12 clubes en total, que conforme a un sorteo hecho por parte de la AFNAM determinó el orden de los enfrentamientos de la siguiente manera: Esta etapa la jugaron los seis mejores equipos de cada llave de la etapa anterior, que conforme a un sorteo hecho por parte de la AFNAM determinó el orden de los enfrentamientos de la siguiente manera, avanzaron los ganadores de las tres llaves más el mejor perdedor para emparejarse en dos play-offs semifinales donde los ganadores avanzaron al zonal de ascenso 2017 y a la final por el título.
También clasifica Club Deportivo Grecia como vicecampeón.