El Campeonato Provincial de Segunda Categoría de Morona Santiago 2020 fue un torneo de fútbol en Ecuador en el cual compitieron equipos de la Provincia de Morona Santiago.
El torneo fue organizado por la Asociación de Fútbol No Amateur de Morona Santiago (AFNAMS) y avalado por la Federación Ecuatoriana de Fútbol.
El torneo debió iniciar en el mes de mayo pero debido a la pandemia de COVID-19 en Ecuador, se atrasó su inicio pero finalmente se decidió que comenzaría el 27 de septiembre y terminó el 18 de octubre de 2020.
En el torneo participaron 3 clubes de fútbol del cual al campeón se le entregó un cupo a los play-offs de la Segunda Categoría 2020 por el ascenso a la Serie B, además el ganador del torneo provincial se clasificó a la primera fase de la Copa Ecuador 2021.
El sistema determinado por la Asociación de Fútbol No Amateur de Morona Santiago fue el siguiente: