El torneo se desarrolló en cada grupo por un sistema de liga, en el que jugaron todos contra todos, a doble partido -una en campo propio y otra en campo contrario- siguiendo un calendario previamente establecido por sorteo.
De estos ocho equipos, sólo dos ascendieron finalmente a la Primera División Femenina.
La composición de los ocho grupos de la Segunda División Femenina fue confirmada en la Asamblea General de la Real Federación Española de Fútbol del 24 de julio de 2018 atendiendo a criterios de proximidad geográfica: Primera División Femenina 18-19 Primera División Femenina 17-18 Zaragoza CFF Santa Teresa CD Segunda División Femenina 17-18 R. Oviedo Deportivo Abanca CD Monte Atlántida de Matamá Racing Femenino Sárdoma CF Victoria CF CD Lugo Sporting Gijón Victoria FC Gijón FF Athletic Club F. "B" Eibar Femenino Osasuna Femenino SD San Ignacio Femenino Oiartzun KE Añorga Kke Mulier FCN Pradejon Aurrera Vitoria Deportivo Alavés FC Barcelona "B" CE Seagull UD Collerense RCD Espanyol "B" AEM Lleida CE Europa CF Igualada AD Son Sardina CD Sant Gabriel CF Palleja CF Pardinyes Granada Femenino Sporting "B" Extremadura UD CFF Cáceres Córdoba CF Femenino Hispalis ADFB Rambla Fem.
CD Pozoalbense CP San Miguel Categorías regionales de fútbol femenino de España CDV Valladares CD Oceja Atlético Arousana Bizkerre CF CD Oliver Berriozar CFF Atlético Revellín Sant Pere Pescador Mallorca Toppfotball Málaga CF "B" Castuera CD Luis de Camoens Peña El Valle Primera División Femenina 17-18 Segunda División Femenina 17-18 CD Tacón Atlético de Madrid "B" CD Parquesol Rayo Vallecano "B" Madrid CFF "B" CF Pozuelo Alarcón AD Alhóndiga Dinamo Guadalajara CyD Leonesa F Olímpico de Madrid CD Nuestra Señora FF La Solana CD Femarguín CD Juan Grande CFS La Garita Unión Viera Las Majoreras UD Las Torres CD Achamán Montaña Alta CD Iregui CD Aguiluchas CD Firgas Yoñé Garita UD Tacuense Granadilla "B" Atlético Unión CD Llamoro Tarsa femenino Furia Arona UD S. Antonio Pilar SD Casablanca Añaza Fem AD Sanse Femenino UD Geneto del Teide SPA Alicante Levante Femenino "B" UD Aldaia Alhama CF CF Joventut Almassora CFF Maritim VCF Femenino "B" Villareal CF Mislata CF A Lorca Féminas Categorías regionales de fútbol femenino de España Salamanca FF Torrelodones CF Cardones Vallinámar Padre Anchieta San Lorenzo Constancia Orotava CAP Ciudad de Murcia Fund.
Albacete "B" Discobolo-La Torre AC Elche CF Categorías regionales de fútbol femenino de España Llanera Femiastur CF Vimenor Pauldarrak Zarautz Ardoi FC Levante Las Planas Sporting Mahón Peña Ferranca CD Puerto de la Torre Santa Teresa CD "B"[1] Daimiel Femenino Club Polillas Atlético Fuensalida Vallecas Zamora Amigos D. Castillo CF Laguna CFF Albacete Murcia Femenino CD Minerva Fuente: Futbolme.comCriterios de clasificación: 1) puntos; 2) enfrentamientos directos; 3) goal-average directos; 4) goal-average; 5) goles anotados.