El equipo compitió en su primer torneo internacional en los Juegos Olímpicos de 1936.
Estonia también se ha clasificado para el EuroBasket seis veces en total, y sus mejores resultados se produjeron en 1937 y 1939.
Sin embargo, después de 1939, Estonia detuvo las actividades del equipo nacional debido a la ocupación de los estados bálticos durante la Segunda Guerra Mundial.
Estonia se reincorporaría posteriormente a la FIBA en 1991, tras recuperar su independencia de la Unión Soviética.
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