El equipo compite para clasificarse para la Eurocopa Sub-21, que se celebra cada dos años.
Desde la creación de la selección sub-21 de Moldavia, la selección sub-21 nunca ha podido llegar a una fase final de la Eurocopa Sub-21, pero ha producido muchos jugadores, que se han convertido en jugadores internacionales para la selección absoluta.
El equipo comenzó su primera campaña competitiva en 1994, en la que intentaron clasificarse para la final de 1996.
Finalmente terminaron cuartos en un grupo de cinco selecciones, con dos victorias en ocho juegos.
La selección sub-21 juega sus partidos como local en varios lugares diferentes por todo el país, incluidos Chisináu, Orhei y Tiráspol.