En 1782, promovido al rango de teniente de marina, sirve en la Flota del mar Negro y el Mediterráneo.
En 1799, con las tropas de Lahoz, combate a los franceses en Italia.
En 1806 participa en el asalto a la fortaleza de Akerman, El mismo año, encabezando una fuerza naval compuesta por cuatro navíos de línea destruye la fortaleza de Anapa, haciendo abandonar sus puestos a los turcos.
En diciembre de 1807, Semión Pustoshkin fue promovido a vicealmirante admitido en el Colegio del Almirantazgo de San Petersburgo.
En 1831, promovido a almirante, dirige la Escuela Nikoláyev.