Sus buenas actuaciones le llevaron a formar parte de la primera plantilla del Athletic Club en la campaña 1996-97.
En 1999, el Athletic Club traspasó a Sergio Corino al RCD Espanyol por 300 millones de pesetas (aprox.
Sin embargo, de forma inesperada, no se concretó la venta de Pochettino ni al Real Madrid, ni al Atlético, y acabó quedándose en el club catalán un año más.
En 2001 se unió al Rayo Vallecano, donde pasó sus últimas cuatro temporadas como futbolista profesional.
Fue internacional sub-21 en doce ocasiones, siendo subcampeón de Europa en 1996 al perder por penaltis ante Italia.