Sin embargo, los enemigos pueden moverse en cualquier dirección, por lo que se utiliza un sistema de apuntado automático del arma para permitir al jugador disparar a aquellos enemigos u objetos que están fuera del plano 2D.
La jugabilidad de Shadow Complex está inspirada en Super Metroid y Castlevania: Symphony of the Night.
Se puede grabar en varios puntos del juego, así como restituir la cantidad de energía y rellenar munición.
Se pueden conseguir hasta 50 niveles de experiencia, cada uno de esos niveles aumenta las características básicas del personaje como la mejora en la precisión de las armas o la resistencia a daños; en determinados niveles se pueden obtener mejoras especiales como por ejemplo desvelar el mapa completo, o munición ilimitada para el armamento extra.
Jason Flemming (voz de Nolan North en la versión inglesa) y su nueva novia Claire (voz de Eliza Jane Schneider en la versión inglesa) están haciendo excursionismo en el noroeste del Pacífico, cuando encuentran unas cavernas.
Así se encuentra con un enorme complejo bajo tierra custodiado por numerosos soldados con tecnología militar de última generación.
Jason escolta a Claire a la entrada para que contacte con las autoridades, mientras que Jason utiliza los dispositivos de última generación para infiltrarse más aún por el complejo e intentar averiguar algo más al respecto del plan.
Jason consigue destruir la aeronave con los misiles obtenidos en el complejo, y arrincona a Lucius antes de que pueda escapar.
Lucius solicita piedad mientras Jason le apunta con el arma, que duda en el acto de dispararle.
Entonces estudiaron este mapa en papel para asegurarse de que todas las partes del juego pudieran terminarse sin problemas.
Mustard cuenta que muchos jugadores de la serie Metroid "bombardearían todos los cuadrados" para descubrir áreas secretas, pero esto no iba a ser así en Shadow Complex.
Mustard se dio cuenta de que esto podría ser un handicap para el juego, ya que aunque ayudaría a guiar a los jugadores para no quedarse estancados en alguna fase, en cambio provocaría que los jugadores se volvieran demasiado dependientes de la línea y la seguirían continuamente sin pararse a explorar el resto del mundo del juego.
Para contrarrestar esto, hicieron que la línea mostrara el camino general que debía ser seguido pero incluyeron partes del mundo donde el jugador debería obligatoriamente desviarse del camino sugerido para evitar algún obstáculo o recoger una mejora necesaria.
Fácilmente uno de los mejores nuevos juegos que vas a poder jugar en tu Xbox 360 este año..."[7]