En 1891 sucedió a Ernst von Brücke como profesor de fisiología y director del instituto fisiológico.
Realizó una importante investigación sobre la localización de la funcionalidad conductual en el cerebro, en particular estudios sobre la arquitectura funcional de la corteza visual.
[2][3] En 1891, describió la fisiología del ojo compuesto de insectos y crustáceos.
En 1899, Exner cofundó Phonogrammarchiv en Viena, un archivo para registrar fenómenos acústicos con fines científicos.
Su hermana, Marie, estaba casada con el urólogo Anton von Frisch (1849-1917).