La historia del pueblo judío en Colombia se originó con los judíos sefarditas expulsados de península ibérica en el siglo XV, muchos de ellos posteriormente emigraron a los territorios de la América hispana entre ellos Colombia.
Durante el siglo XX gran cantidad de inmigrantes judíos sefarditas provenientes del imperio otomano se asentaron en Colombia junto con otras comunidades de origen askenazí principalmente de Ucrania y Alemania.
En 1933, se obtuvo la Personería Jurídica, estableciéndose como la Comunidad Hebrea Sefaradí de Bogotá.
Posteriormente se construyó adyacentemente una escuela Talmud Torá.
En el año 2016 la sinagoga fue visitada en acto protocolario por el en ese entonces presidente de Colombia Juan Manuel Santos.