Los judíos fueron expulsados en masa de España en 1492 por el decreto del Alhambra.
Muchos de los que huyeron a Portugal se vieron obligados a convertirse al catolicismo en 1496, mientras que los judíos restantes fueron expulsados de Portugal en 1497.
Durante cientos de años, la Inquisición continuó investigando a los conversos y sus descendientes bajo la sospecha de que en secreto todavía practicaban el judaísmo.
Después de las restauraciones más recientes, la entrada del complejo se da por la Casa de Coutinho Mendes nombre que recuerda la resistencia en el período de ocupación nazi, ya que Coutinho Mendes fue arrestado en 1943, año en que la sinagoga o esnoga fue cerrada (Ámsterdam: D'Artes 1991).
En 1889, la biblioteca privada del entonces bibliotecario David Montezinos fue donada a Ets Haim y la biblioteca es conocida desde entonces como Ets Haim / Livraria Montezinos.