En 2011 el GBC de San Sebastián le ficha, y en su primera temporada baten todos los récords históricos del club, logrando a nivel personal el premio ANTONIO DÍAZ MIGUEL como mejor entrenador de la temporada.
Tras finalizar su contrato ficha por Bilbao Basket por dos temporadas, ampliadas a cinco tras el final de la primera.
Baskonia y Sito Alonso llegan a un acuerdo para que el entrenador madrileño fiche por el FCBarcelona para las dos siguientes temporadas.
Tras clasificar como cabeza de serie en la copa del rey al club azulgrana y no conseguir buenos resultados en euroliga es destituido.
Aunque a los 35 días como entrenador del club fue cesado junto con varios directivos.