[2] El juego toma un aspecto de primera persona basado mucho en los juegos pasados del desarrollador como Amnesia: The Dark Descent y la serie de Penumbra además como los demás juegos el jugador no puede defenderse de los monstruos que andan en PATHOS-II nada más puede esconderse, correr y resolver acertijos.
En realidad, está hecha especialmente para enviar objetos al espacio mediante una pistola espacial.
Durante este periodo las máquinas empezaron a desarrollar características humanas y una conciencia.
Para Simon es un día como otro cualquiera y camino a las instalaciones científicas todo transcurre con normalidad incluso conversa con uno de sus compañeros por teléfono para verse más tarde tras el experimento.
En ese momento Simon aparentemente pierde el conocimiento y cuando regresa en sí se da cuenta de que ya no está en el laboratorio sino en un lugar muy distinto, parecido a un laboratorio futurista siniestro y abandonado.
Sin embargo durante ese proceso la IA en la mayoría de casos ha creado aberraciones que distan de ser algo parecido a un humano convencional por lo que Catherine plantea otra solución alternativa.
Catherine propone a Simon localizar el Arca, copiar sus mentes a la misma y lanzar el dispositivo al espacio para poder escapar del lugar, Simon acepta la misión y sin pretenderlo ambos se convierten en la única esperanza para salvar lo que queda de la humanidad... [4] En su camino al Arca, Simon deberá evitar distintos peligros, especialmente a las aberraciones robóticas que habitan el lugar y en algunos momentos tendrá que trasferir su mente a otros cuerpos robotizados cuando queda herido o bien para atravesar ciertas partes del complejo y proseguir su andadura.
Pero en ese instante debido a un fallo técnico se pierde el contacto con Catherine y Simon horrorizado toma consciencia de que ha quedado atrapado en ese cuerpo y en esa parte del complejo completamente solo, al igual que el resto de sus versiones anteriores quedaron atrapadas en sus respectivos cuerpos en otras partes del complejo.