Sus buenas actuaciones en la Bundesliga le llevaron a ser fichado por el Blackburn Rovers de la Premier League dos temporadas después.
Henchoz se asentó rápidamente en el primer equipo de Anfield, formando una excelente pareja defensiva junto al finés Sami Hyypiä.
Henchoz no se recuperaría completamente de dicha lesión y tanto en esa temporada como en la siguiente, apenas hizo apariciones.
Tras la finalización de dicho contrato, regresó a la Premier League para jugar en el Wigan Athletic.
Tras solo una temporada en el Wigan, Henchoz regresó al que fue su antiguo club, el Blackburn Rovers, firmando en 2006 por dos temporadas, pero las lesiones siguieron haciendo mella en su juego, en mayo de 2008 fue despedido del equipo por el entrenador Mark Hughes y en octubre de 2008 confirmó su retiro del fútbol profesional.