Su padre, Jan Małachowski, había trabajado como militar y político para la República de las Dos Naciones.
Stanisław estudió derecho y fue elegido diputado provincial del Sejm en 1764.
Perteneció al Consejo Permanente del Gobierno y fue nombrado mariscal (presidente) del Gran Sejm, que tuvo lugar entre 1788 y 1792.
Malachowski era mucho más estricto que otros patriotas polacos acerca de la situación rusa en Polonia.
En 1799 fue detenido en Varsovia y encarcelado durante un año en Cracovia como prisionero del Estado.