[4] Como muchos habitantes de la zona, Hüseynov se vio involucrado en la primera guerra del Alto Karabaj.
En 1990 formó un grupo armado que en 1992-1993 participó en la toma y posterior pérdida de Agdara.
[2][5][4] Fue acusado de traición por sus acciones militares en Agdara[2] y el presidente Abulfaz Elchibey mandó arrestarlo y desarmar a sus tropas, lo cual condujo a una situación de caos en el país que terminó a finales de 1993 con Heydar Alíyev como presidente y Huseynov como primer ministro.
El golpe fracasó y Huseynov se refugió en Rusia.
Fue extraditado en 1997 y condenado a cadena perpetua en 1999,[6] pero en 2004 fue indultado y actualmente vive apartado de los asuntos políticos.