Más tarde se desempeñó como maestro de novicios para su congregación en Missouri y Pennsylvania.
Amat fundó algunas de las primeras escuelas en Los Ángeles y pidió a sus compañeros vicentinos que abrieran el Saint Vincent's College (ahora conocido como Loyola Marymount University).
Amat formalmente consagró el Cementerio del Calvario en North Broadway (antes Buena Vista Street) en Bishops Road en 1866.
Las tumbas en el Cementerio del Calvario se trasladaron a la ubicación actual del cementerio para dar paso a Cathedral High School.
[1] El Cementerio de Santa María (3,69 acres) (34°16′53″N 119°16′51″O / 34.28139, -119.28083) en San Buenaventura fue adquirida por Amat en 1862 y lo bendijo en 1884.
Bishop Amat Memorial High School en La Puente, California, lleva su nombre y su lápida original se encuentra en la capilla de la escuela.