La temperatura media anual se encuentra alrededor de los 8 °C, mientras que la precipitación anual, gran parte de la cual se registra en la estación lluviosa (mayo a octubre), oscila entre los 1000 y 1200 mm.
[5] Aunque esto no afectó al área de la Sierra de Río Frío, el decreto significó que esta quedó como un exclave del parque, una subdivisión llamada "Parque Nacional Zoquiapan".
También caracteriza a la parte más cerrada del bosque (hasta los 3600 m s. n. m.) la presencia de «pegarropas» o plantas que se adhieren al pelo y a la ropa, como la flor de araña (Sigesbeckia jorullensis) o el abrojo (Acaena elongata).
En las partes más elevadas, se encuentra enebro azul (Juniperus monticola f. compacta) en abundancia.
Estos ecosistemas sirven de hogar a la fauna local, consistente de coyotes (Canis latrans), lagartijas espinosas o chintetes (Sceloporus spp., en especial S. grammicus y S. mucronatus), varias aves cantoras y rapaces, así como el endémico zacatuche (Romerolagus diazi).