La Temporada 1999 de la WNBA fue la tercera en la historia de la Women's National Basketball Association.
Nuevamente hubo una expansión en la liga, llegando dos nuevos equipos, Minnesota Lynx y Orlando Miracle.
Las campeonas fueron por tercer año consecutivo las Houston Comets.
Por primera vez había 12 equipos en la liga.
Accedían a los playoffs los tres primeros equipos de cada conferencia.