La teoría autógena postula que en el proceso del origen de la célula eucariota, los orgánulos rodeados por membrana pudieron surgir a partir de invaginaciones de la membrana plasmática que tomaron funciones independientes.
[1] De acuerdo con esta teoría la membrana nuclear, el retículo endoplásmico, el aparato de Golgi y los orgánulos rodeados por membranas sencillas (como los lisosomas) evolucionaron de este modo.
Estos orgánulos se conocen a veces como el sistema de endomembranas.
Ejemplos son los tilacoides de las cianobacterias, los compartimentos que contienen amonio monooxigenasa en Nitrosomonadaceae y diversas estructuras en Planctomycetes, incluyendo una membrana que rodea su nucleoide.
La teoría autógena no explica el origen de otros orgánulos eucarióticos como mitocondrias y cloroplastos.