Karachi se convirtió en la primera capital del nuevo país de Pakistán en 1947.
El FCT se creó en 1948 para permitir al gobierno federal operar desde un territorio nacional.
Los principales grupos étnicos en esta región antes de la partición del subcontinente indio consistían en varios pequeños grupos lingüísticos y religiosos, como las comunidades guyarati, que incluían a parsis, hindúes, musulmanes sunitas, musulmanes ismailíes, bohras daudíes, musulmanes marwari, musulmanes kacchi y una gran número de comunidades cristianas locales.
Sin embargo, todas estas comunidades fueron superadas en forma colectiva y simultánea por la afluencia de musulmanes muhajir que comenzaron a establecerse en Karachi porque era la capital federal y el mayor centro comercial; y algo más debido a la migración de las comunidades hindúes de esta región a la India, que resultó en cambios dramáticos y demográficos en esta área.
El antiguo FCT fue atendido por la antigua terminal del Aeropuerto Internacional Quaid-e-Azam (actual Aeropuerto Internacional Jinnah), que ahora se utiliza para vuelos de Hach e instalaciones de carga.