El programa se centra en los agentes especiales del FBI Fox Mulder (David Duchovny) y Dana Scully (Gillian Anderson) que trabajan en casos relacionados con lo paranormal, llamados expedientes X. Mulder cree en lo paranormal, mientras que la escéptica Scully ha sido asignada para desacreditar su trabajo.
Lo que encuentran parece respaldar la creencia revivida de Mulder en los extraterrestres, pero se desacredita cuando los agentes no son reasignados a los expedientes X, ahora reabiertos, con Jeffrey Spender (Chris Owens) y Diana Fowley (Mimi Rogers) haciéndose cargo en su lugar.
«The Beginning» fue el primer episodio de la serie que no se filmó en Vancouver, Canadá, después de que la producción se trasladara a Los Ángeles a instancias del actor principal David Duchovny.
Los escritores buscaron traer de vuelta algunos personajes, como Spender, Fowley y Gibson Praise (Jeff Gulka), que no habían aparecido en la película, pero habían jugado un papel fundamental en la quinta temporada del programa.
En Phoenix, Arizona, un científico que trabaja para Roush Technologies está expuesto al virus extraterrestre del aceite negro; un extraterrestre se gesta y brota de su cuerpo a la mañana siguiente.
En Washington D. C., el agente Fox Mulder comparece ante un panel del FBI sobre sus experiencias en la Antártida.
Mulder va allí, solo para descubrir que Jeffrey Spender y Diana Fowley han sido asignados a los expedientes X.
El fumador busca a Gibson Praise, quien en ese mismo momento está siendo operado del cerebro.
Mulder y Fowley creen que el extraterrestre busca calor, razón por la cual se encuentra en la planta de energía.
[2] «The Beginning» fue el primer episodio de la serie que se filmó en Los Ángeles, California.
[3][4] Según Andy Meisler, «La primera toma de la temporada, una mirada larga directamente a un sol brillante que brilla en un desierto árido, fue diseñada para anunciar audazmente la llegada del programa al sur de California».
Según Space.com, a varios fanáticos del programa les encantó específicamente «el ambiente tenso que la filmación en Vancouver prestó a la serie [durante las temporadas 1-5]», que, según los informes, la sexta temporada carecía totalmente.
Más tarde, Millikan bromeó diciendo que pasó la mayor parte del rodaje hablando por teléfono eligiendo a otros para futuros episodios de X-Files.
[8] Las escenas en un suburbio de Arizona fueron filmadas en Valencia, California, porque los productores querían «algo realmente Edward Scissorhands».
Me complació mucho ver cómo Chris Carter tomó el final de la última temporada y la película y unió las cosas para que la sexta temporada tuviera un nuevo comienzo».
Esto es algo sacado de una novela pulp con la ciencia del espectáculo disuelta en una completa tecnopalabrería».