La ciudad de Jericho, el escenario del videojuego, ofrece caminos alternativos que los jugadores pueden explorar libremente.
En el videojuego, los jugadores conocerán diferentes personajes no jugables y tendrán que tomar diferentes decisiones que afectarán al mundo y la historia del videojuego.
Los nanitos detrás del proyecto ganan sensibilidad, convirtiéndose en un Proceso corrompido, y ante el voto de la junta CREO en contra de su uso, desencadenan un colapso en todo el sistema, matando o corrompiendo cada máquina y humano conectado a la red CREO.
El Proyecto UTOPIA es lanzado luego por un sistema automatizado, que transporta los nanitos del Proceso Rogue.
Aparentemente el único sobreviviente, el personaje aún comatoso se recupera en una instalación médica de la prisión.
Dos meses después, el personaje del jugador es despertado por visiones de Athena llamándolo como su "Guerrero".
El hermano Eli le ordena al Guerrero que derrote a su hermano Little Johnny, para que puedan llegar al lugar del accidente en busca de Athena.
El Guerrero persigue el rastro de Athena hasta la reserva natural artificial, Gideon Point, donde se esconde el Delver.
Athena es aparentemente destruida y absorbida por el enjambre, renacida como una gigantesca serpiente de nanitos.
El Guerrero persigue a Eli hasta el Muro, una barrera masiva construida alrededor de la ciudad, y lo confronta.
Uno de los objetivos del equipo era garantizar que el videojuego ofreciera libertad y opciones a los jugadores.
[5] El equipo también reelaboró la inteligencia artificial del videojuego, con enemigos controlados por la IA capaces de coordinarse entre sí durante el combate.